老字号种曲屋「泽木屋」（沢木屋）次男，拥有肉眼可见微生物的特殊能力。 东京某农业大学农学部一年级学生。 幼年时与结城萤目睹火落菌（火落ち菌）摧毁酒藏的悲剧， 因而立志以看得见菌的能力与微生物学知识守护发酵世界。
微生物学 发酵学

直保的童年好友，出身造酒屋结城酒造（結城酒造）。 农学部一年级学生，后来以哥特萝莉（ゴスロリ）装扮在日吉酒店打工。 立志成为发酵职人，也就是传统酿酒师杜氏。
发酵学

某农业大学教授，树研究室（樹ゼミ）的导师。 「农学是连接太古与未来的至高学问」是他的核心理念。 泽木与萤在他的引导下进入微生物学世界。
微生物学 农学

树研究室博士生。出身富贵、有婚约者，却推迟结婚进入博士课程—— 一切源于她对巴斯德的执着。 最初对泽木的能力保持怀疑，后来成为「Miss 农大」背后的科学支撑。
微生物学 历史学

树研究室三年级学生，被选为「Miss 农大」。 她的任务是环游世界收集发酵食品，美貌与豪饮形成强烈反差。
发酵学

二年级学生，住在学生宿舍。身材高大，留着邋遢胡茬。 与川滨组成「谋财双煞」。 因密造酒失败而负债，随后加入发酵藏。
发酵学

二年级学生，个子矮小。 是昆虫迷（虫・マニア），喜欢饲养昆虫，也喜欢食用昆虫。 出生于墨西哥，是归国子女。
生物学

一年级学生。 入学时有明显的除菌强迫倾向，后来在长谷川等人的影响下逐渐改变。 她从讨厌日本酒到接受发酵，象征着对「菌」的认知转变。
医学

日吉酒店的隐居老主人（ご隠居）。 在泽木眼中，他全身布满菌——这是老发酵人的标志。 他也是树教授的多年好友。
发酵学

日吉菊二的孙子。 体型微胖，爱干净。 萤来到日吉酒店后，他开始全国酒藏巡访。
发酵学

勃艮第（ブルゴーニュ）酒庄继承人。 与长谷川婚约者的家族相关。 她的登场引出卷六的勃艮第红酒危机。
发酵学 历史学

来自冲绳的访客。 带来豆腐乳 / 豆腐よう、泡盛古酒等冲绳发酵传统。 与阿公（おじい）一同来访。
发酵学

精酿啤酒（地ビール）创业者。 卷八中到日吉酒店推销精酿啤酒，引发校内啤酒节。
发酵学

直保的兄长。 性格散漫随性（チャランポラン），长期在美国漂泊。 卷十三说出本作主题句：「お前のいる処が、お前の世界の中心なんだ」
「你所在的地方，就是你世界的中心。」。
微生物学 生物学

「A·ラクテス」是乳酸菌的代表，也是乳酸菌的拟人化形象—— 性格活泼、喜欢发酵，是酸奶、味噌等食品风味的灵魂之一。
微生物学

「A·オリゼー」是米曲霉（麹菌）的代表，也是曲菌的拟人化形象—— 泽木直保的好朋友，性格沉稳、技艺高超。 它对应日本发酵文化中的「国菌」。
发酵学

火落菌（火落ち菌）性格狡诈、好破坏， 是不受欢迎的菌；但它也揭示出发酵的本质在于菌与人的平衡。
微生物学

O157在泽木眼中是黑色触手般的凶恶菌—— 作品借 1996 年日本堺市事件中的相关描绘，警示食品安全风险。
医学