结城萤幼年时目睹父亲的造酒屋因「火落」事故毁于一旦，杜氏自杀的悲剧源于一种名为「火落菌（火落ち菌）」的野生酵母污染。 泽木的能力让她第一次认识到：菌不是抽象概念，而是肉眼可见、有性格的小生命。

长谷川遥对泽木「看得见菌」的能力保持怀疑，于是采取最严苛的测试—— 拿出数十份「未知菌」样本让泽木辨识。泽木一一报出菌名，包括A·ラクテス（乳酸菌代表）。 本节揭示乳酸菌在人类肠道、发酵食品与发酵乳制品中的核心地位。

《もやしもん》的标题本身来自「もやし」——古时对种曲（種麹）的称呼。 泽木家的种曲屋传承数代，曲菌（麹菌）被泽木直保视为「朋友 A·オリゼー」。本节揭示曲菌在 淀粉糖化、蛋白质分解、酯类合成中的核心酶作用， 以及它在日本发酵食品文化中的「国菌」地位。

「酵母」是把糖变成酒精与二氧化碳的小魔法师。泽木第一次看见酵母时， 一群绿色卡通形象的「酵母菌 A」正在酒藏醪中欢呼。本节建立「酵母」的整体图谱： 分类（出芽生殖）、糖酵解（EMP 途径）、无氧代谢的化学计量。

如果说酵母把糖变成酒精，醋酸菌则把酒精进一步变成醋酸。 在泽木眼里，醋酸菌是一群爱打扮、爱在液体表面结成「菌膜（pellicle）」的小生命。 本节揭示「好氧性」的代谢需求与食醋文化的全球分布。

泽木家族的「种曲屋（種麹屋）」业务中也会接触到纳豆菌。 纳豆菌的惊人繁殖力（一个菌 15 小时分裂为 10 亿个）让长谷川严肃警告： 纳豆绝对禁止带进清酒藏，否则会污染整个酒藏。

树教授首次提及：农学是太古与未来相连的至高学问。 而最体现这一观点的，是根瘤菌与豆科植物之间的共生—— 一种细菌与高等植物之间亿万年演化的完美协作。

泽木惣右卫门直保踏入大学的第一个画面，就是看见空气中漂浮的无数小生物—— 「这是一个充满菌的世界」。 本节揭示浮游菌（airborne microbe）的真实生态：浓度、种类、健康影响。